罗氏GS-FLX系统（测序）

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服务概述

公司拥有罗氏GS-FLX系统，利用该系统对外开展深度测序服务。454测序系统是一种焦磷酸、微流体技术并行的测序系统，依赖生物发光技术进行DNA序列分析。在DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和双磷酸酶的协同作用下，将引物上每一个dNTP聚合与一次荧光信号释放相偶联。通过检测荧光释放的强度，达到实时测定DNA序列的目的。此技术不需要荧光标记的引物或核酸探针，也毋需扩增产物进行电泳分离。

该技术样品制备简单，序列数据读取精确度和长度高（400-500碱基），并具有分析结果快速、准确、灵敏度高和自动化等特点。结合GS-FLX Titanium试剂，双通道运行一个循环10小时，能够产生大约400-600Mb的序列数据。系统自带的高效分析工具软件可进行全新序列组装，参考序列组装和变异分析。

    该系统依靠油包水乳液中小珠上固定的寡核苷酸捕获单链DNA片段进行emPCR扩增。每个结合DNA的珠子置于PicoTiterPlate（PTP）光纤芯片上的直径约29微米孔内，每孔一个珠子。DNA聚合酶， sulfurylase和荧光素酶同时封装在小孔内。该PicoTiterPlate被放入GS-FLX 系统进行测序。454测序仪可以测定任何序列的双链DNA，适用于全基因组测序，基因组序列重测序，RNA分析等。

样品要求

1、DNA样品：必须是双链DNA；OD260/280 ≥ 1.8 (纯度越高越好)；浓度 ≥ 100 ng/μl （浓度越高越好）；长度 > 1.5 kb （长度越长越好）；总量大于2µg，越多越好

2、mRNA样品：总量大于1ug；浓度大于20ng/µl （浓度越高越好）；OD 260/280 ≥ 1.8 (纯度越高越好，不含DNA)；长度越长越好，mRNA正常应分布在0.2 kb 到 7 kb之间；

 3、总RNA样品：（需要咨询）；总量大于1mg；浓度大于1000ng/µl；OD 260/280 ≥ 1.8；长度越长越好；

服务流程

1.GS FLX454试验流程

1）基因组DNA或总RNA检测；

2）Shortgun DNA 或cDNA 样品制备；                                                             

3）衔接子A、B（接头）连接；

4）带A、B衔接子的单链DNA片段分离和emPCR扩增；

5）采取如下技术路线进行测序和分析；

  •GS-FLX sequencing run Titanium chenistry(1/2 plate)

  基本数据分析（Basecalling,assembly）

  对拼接后的结果进行注释（nt,nr,swissprot,KEGG,GO）  

完成时间

根据合同要求时间完成

最终产品

原始序列数据和质量数据，总reads数目和平均长度及分布图，总bp数目；个体化分析需要协商。

  1）测序数据；

  2）分析结果（生物信息学分析结果，包括：nt、nr、swissprot、

KEGG等注释结果，COG或GO分类等）；

  3）详细的实验报告。

服务费用

询价